В военной составляющей игры бросается в глаза её ускоренность по сравнению с предыдущими версиями. Там, где раньше требовались десятилетия (к примеру, подавление крупных восстаний), сейчас хватает нескольких лет. Стоит влезть в вооруженный конфликт, и стабильности начнет вредить параметр «усталость от войны», влияние которого, напротив, заметно усилилось. Благодаря ему врага часто удается поставить на колени, уничтожая его полки. Истощение влечет множество бед: торговля теряет эффективность, армия дерется хуже и хуже, возрастает риск восстаний. Со временем противостояние затухает само собой — уцелевшие части покидают передовую, чтобы разогнать повстанцев по домам. В In Nomine мятежники стали выставлять различные требования. Фанатики обращают занятые регионы в свою веру, крестьяне жаждут снижения налогов, сепаратисты хотят создать независимое княжество или присягнуть вашим соседям… Если вы не подавите смутьянов или не сядете за стол переговоров, они непременно добьются своего.
